Diagnóstico e monitoramento de carcinoma hepatocelular e tumores de células germinais; avaliação de risco para defeitos no tubo neural e outros defeitos no útero; distinção entre hepatite neonatal e atresia biliar neonatal. Valores aumentados: carcinoma hepatocelular (concentrações iniciais muito altas sugerem pior prognóstico, falha em diminuição de níveis após cirurgia indica metástase ou má ressecção, mudanças podem ocorrer com o resultado de quimioterapia), ataxia, teleangiectasia, tumores de células germinais, tirosinemia hereditária, persistência hereditária de AFP, metástases hepáticas de carcinoma de estômago e pâncreas, hepatite neonatal, carcinoma embrional, teratocarcinoma, coriocarcinoma, outras doenças hepáticas (em menores concentrações), defeitos do tubo neural em gestações. Valores normais: atresia biliar neonatal. Valores diminuídos: gravidez com trissomia de 21.